El territorio estaba ocupado durante la época precolombina por numerosas tribus indígenas, entre ellas los pastos, quillacingas, awá, iscuandés, telembíes, tumas, tabiles, abadaes, chinches, chapanchicas y pichilimbíes. El primer conquistador que ingreso al territorio fue Pascual de Andagoya en 1522, quien recorrió parte de la costa pacífica colombiana y obtuvo información que posteriormente utilizó Francisco Pizarro para organizar la expedición que culminó con la conquista del Perú; ésta salió en noviembre de 1525 y recorrió toda la costa colombiana, tocando las islas de Gorgona y del Gallo, así como la ensenada de Tumaco.
Quienes primero exploraron la parte montañosa del departamento fueron Juan de Ampudia y Pedro de Añazco, comisionados por Sebastián de Belalcázar en 1535, quien a su vez recorrió el territorio en 1536 y llegó hasta Popayán donde permaneció algún tiempo antes de su partida a España. Al regresar Belalcázar en 1541 ya con el título de gobernador de las tierras por él conquistadas, dividió sus dominios en 14 tenencias; entonces este territorio quedó como parte la audiencia de Quito. Después de la independencia la región formó parte de la provincia de Popayán en numerosas ocasiones, luego entre 1821 y 1863 hizo parte del departamento de Cauca y las provincias de Barbacoas y Pasto sucesivamente; después, en 1863 del Estado Soberano del Cauca hasta 1886 cuando se restablecieron los departamentos. Finalmente en 1904 se creó el departamento de Nariño, con capital en San Juan de Pasto.
