Sapuyes es una población fundada por don Sebastián de Belalcázar el 23 de septiembre del año de 1.543 y creado como Municipio el 30 de noviembre del año de 1.849 por la Cámara Provincial de Túquerres.
Sapuyes estaba habitado por la tribu de los “PAGUAYOS”, comandados por el cacique “SAPUYANA”, con dependencia y supremacía del gran cacique “COLIMBA”, a quien estaban sujetas las tribus del pueblo Quillasinga.Los Paguayos vivían de la agricultura y de la caza de pequeños animales salvajes, como venados, conejos, sacha cuyes, armadillos y torcazas, cultivaban papa, oca, ulloco y majuya, que constituían su diaria alimentación condimentada con ají, no conocieron la sal.
Adoraban la luna e ídolos de piedra, su adoración estaba en el sitio llamado “PIEDRA DE CARA” (a dos kilómetros del sureste de la población de Sapuyes subsiste allí una piedra con varios grabados entre los cuales se encuentra una cara humana grande y dos pequeñas, un círculo dividido en cruz y varios espirales, en la parte superior tiene agujeros diferentes tamaños). Para los indígenas ese lugar era sagrado, allí concurrían a ofrecer sacrificios a sus dioses, después de los cual seguían grandes danzas, borracheras que duraban hasta tres días.
Sapuyes es una población fundada por don Sebastián de Belalcázar, el 23 de septiembre en el año de 1543 y creado como municipio el 30 de noviembre de 1849 por la Cámara Provincial de Túquerres.
Como parroquia, no se encuentran datos de su creación. Es a finales del siglo XVII que aparece Sapuyes como la capital de una Parroquia, que se extendía hasta el Río Guaitara y comprendía las Parroquias que hoy son Imués, Ospina y parte de Guachucal.
La Parroquia estaba servida por un cura vicario ayudado por un cura coadjutor, fue referenciada en el año de 1.762 por el obispo PEDRO PONCE CARRASCO, con el nombre de la Parroquia de San Juan Bautista de la Merced, siendo su primer cura el Padre Antonio de los Reyes.
Hasta el año de 1854, la Parroquia estuvo servida por los Sacerdotes españoles: Ignacio Alvear, Salvador Rosales, Manuel José Ferrer, Ignacio Pió Martínez Barroso, Ángel María Benavides.